Biskoppen er den øverste gejstlige myndighed i stiftet. Biskoppen ordinerer nye præster i folkekirken og stadfæster præster i valgmenigheder. Nogle biskopper er desuden bemyndiget til at stadfæste præster i Den Danske Kirke i Udlandet.

Folkekirkens præster har forkyndelsesfrihed, men biskoppen fører tilsyn med, at forkyndelsen ikke er i strid med folkekirkens bekendelsesgrundlag som evangelisk-luthersk kirke. Biskoppen er også klageinstans i sager om medlemskab af folkekirken, om kirkers brug og om præstens udførelse af kirkelige handlinger, tilrettelæggelse af konfirmationer m.v.

Biskoppen varetager arbejdsgiveransvaret for stiftets præster og provster på delegation fra kirkeministeren. Visse ansættelser og afskedigelser, for eksempel kongelige udnævnelser og uansøgt afsked af tjenestemænd, skal dog forelægges for By-, Land- og Kirkeministeriet. Biskoppen tager også stilling til løn- og ansættelsesvilkår for præster og provster, herunder blandt andet spørgsmål om tjenesteboligpligt.

Biskoppen har samtidig en række forvaltningsmæssige opgaver. Biskoppen træffer blandt andet afgørelser om ændring af sognestrukturen i stiftet, om mindre ændringer i liturgi og ritualer, om askedeling og om brug af folkekirkens kirker af kristne trossamfund uden for folkekirken.

Sammen med stiftamtmanden (direktøren for Ankestyrelsen) udgør biskoppen stiftsøvrigheden, som fører tilsyn med menighedsråds og provstiudvalgs økonomiske forvaltning.

Provsterne i stiftet fungerer som biskoppens medhjælper i det gejstlige tilsyn og som nærmeste leder for præsterne i provstiet. Provsterne fører også på biskoppens vegne tilsyn med de kirkebogsførende præsters forvaltning af personregistreringsopgaven.