Folkekirken er inddelt i sogne, provstier og stifter, der er geografisk opdelte områder. På alle niveauer er der demokratisk valgte organer i form af menighedsråd, provstiudvalg og stiftsråd. Hvert af de 10 stifter ledes af en biskop, der udnævnes af kirkeministeren efter et demokratisk valg i stiftet.

Folkekirkens præster har forkyndelsesfrihed, og folkekirkens menighedsråd er selvstændige myndigheder, som biskoppen ikke har instruktionsbeføjelse over.

Biskoppen fører i stedet teologisk tilsyn med, at præsternes forkyndelse sker inden for det evangelisk-lutherske bekendelsesgrundlag, og med menighedsrådenes funktion i øvrigt. Biskoppen udgør desuden sammen med 
stiftamtmanden den såkaldte stiftsøvrighed, som sammen med provstiudvalget fører tilsyn med menighedsrådenes økonomiske forvaltning.

Langt de fleste aktiviteter i folkekirken finder sted lokalt og i samarbejder inden for det enkelte provsti eller det enkelte stift.

Folkekirkens landsdækkende opgaver varetages af institutioner og samarbejder, som finansieres af fællesfonden, der er folkekirkens fælles kasse.

Folkekirken rummer et mindre antal særlige menigheder, der samler og organiserer gudstjenester og kirkelige handlinger for døve og hørehæmmede og på grønlandsk, færøsk og tysk. Det er også muligt at oprette en valgmenighed i folkekirken. En valgmenighed er under tilsyn af biskoppen, men er økonomisk og administrativt uafhængig af den øvrige del af folkekirken.