Biskoppen udgør sammen med stiftamtmanden (direktøren for Ankestyrelsen) stiftsøvrigheden. Stiftsøvrigheden er sammensat, så staten og folkekirken er repræsenteret som ligeværdige parter.

Direktøren for Ankestyrelsen kan delegere sin stiftsøvrighedskompetence til medarbejdere i Ankestyrelsen på ankechefsniveau eller derover. Direktøren kan bestemme, at en person, der varetager direktørens stiftsøvrighedskompetence efter delegation, kan oppebære titlen af stiftamtmand.

Stiftsøvrighedens opgaver omfatter juridisk tilsyn med menighedsråd og provstiudvalg samt godkendelse af visse menighedsrådsbeslutninger om kirkegårde, der er kategoriseret som umistelige.

Stiftsøvrigheden har også mulighed for at gøre indsigelse mod kommunernes lokalplanlægning, hvis de påvirker ind- og udsynet fra folkekirkens kirker. Stiftsøvrigheden kan dog ikke fremsætte indsigelse mod lokalplanforslag, der muliggør opstilling af solceller og/eller vindmøller længere væk fra en kirke end 1.000 m, dog 2.000 m ved vindmøller med en totalhøjde på mindst 250 m.

Biskoppen og stiftsøvrigheden bistås af stiftsadministrationen, hvis daglige leder er stiftskontorchefen. Stiftsadministrationerne finansieres af fællesfonden.