Folkekirken har en række forskellige specialpræster og særlige menigheder, som samler og organiserer gudstjenester og kirkeligt arbejde for udvalgte grupper på tværs af den almindelige sognestruktur i folkekirken.

Mange sognepræster har samtidig særlige funktioner som for eksempel sygehuspræster, fængselspræster, studenterpræster, gadepræster, natpræster og meget mere.

Nogle sognepræster fungerer i perioder som feltpræst og bliver udsendt på samme vilkår som danske soldater i både hæren, søværnet og flyvevåbnet. Mange præster har også meldt sig som beredskabspræster, der rykker ud med kort varsel ved større ulykker, katastrofer og kriser i Danmark og i udlandet.

Folkekirken har også flere sprogmenigheder og præster, der taler andre sprog end dansk. Folkekirken har desuden særlige menigheder for døve og hørehæmmede.

Endelig har folkekirken en lang tradition for at kunne danne særlige valgmenigheder inden for folkekirken. Valgmenigheder står under biskoppens tilsyn, men er økonomisk og administrativt uafhængige af den øvrige del af folkekirken.