Selv om folkekirken er kendetegnet ved et udstrakt lokalt selvstyre, har folkekirken som nutidig og national samfundsinstitution også brug for at løse en række opgaver på tværs af stifter og på landsplan.

Folkekirken har derfor også en række nationale og regionale institutioner og samarbejder, som finansieres af fællesfonden, der er folkekirkens fælles kasse.

Nogle institutioner er etableret med hjemmel i lovgivningen, så rammerne for organiseringen og opgaveløsningen er fastsat ved bekendtgørelse. Det gælder for eksempel folkekirkens uddannelsesinstitutioner og Det Mellemkirkelige Råd.

Andre fællesopgaver løses af de såkaldte stiftscentre på delegation fra By-, Land- og Kirkeministeriet. Det gælder for eksempel lønadministration og folkekirkens selvforsikring.

Enkelte fællesopgaver er forankret i By-, Land- og Kirkeministeriet som del af ministeransvarsområdet. Det gælder Folkekirkens It og Personregistreringen, der er kontorer i By-, Land- og Kirkeministeriets departement, selv om de finansieres af fællesfonden.

Mere kirkelige fællesopgaver kan i nogle tilfælde løses på grundlag af samarbejdsvedtægter mellem de samarbejdende enheder. Det gælder for eksempel Folkekirke & Religionsmøde og Sjælesorg på Nettet.

Tidsbegrænsede projekter kan fungere på grundlag af en bevilling fra fællesfonden, indtil det eventuelt besluttes at etablere en permanent institution eller et permanent samarbejde med mere formelle rammer. Det er for eksempel tilfældet med Folkekirkens Grønne Omstilling.

Fælles for de tværgående institutioner og samarbejder i folkekirken er, at ledelsen i vidt omfang sker med inddragelse af relevante repræsentanter fra folkekirkens forskellige aktører, herunder biskopperne, stiftskontorcheferne, Provsteforeningen og Landsforeningen af Menighedsråd.