Langt de fleste beslutninger om budget og aktiviteter i folkekirken træffes lokalt af menighedsråd og provstiudvalg, der bestyrer de lokale kirkekasser og fastsætter den lokale kirkeskat. 

Udgangspunktet i den kirkelige lovgivning er, at folkekirkens aktiviteter finansieres lokalt. Derfor udgøres størstedelen af folkekirkens samlede økonomi af indtægter og udgifter i de lokale kasser.

På nationalt niveau dækker folkekirkens fællesfond de udgifter til fælles aktiviteter, som ikke dækkes af de lokale kasser eller af statens tilskud til folkekirken. Det drejer sig blandt andet om driften af folkekirkens stiftsadministrationer og uddannelsesinstitutioner og om andre landsdækkende opgaver.

Kirkeministeren fastlægger fællesfondens budget og står til ansvar over for Folketinget for fællesfondens regnskab og forvaltning. Ministeren rådfører sig i spørgsmål vedrørende fællesfonden med en budgetfølgegruppe, der består af repræsentanter for biskopperne, stiftskontorcheferne, Landsforeningen af Menighedsråd, Danmarks Provsteforening og By-, Land- og Kirkeministeriet. Fællesfonden finansieres helt overvejende af landskirkeskatten, som fastsættes af kirkeministeren. 

Folkekirken modtager desuden et økonomisk tilskud fra staten. Statens tilskud består især af et betydeligt tilskud til præsternes lønninger og pensioner, som udbetales af fællesfonden. Hertil kommer en række yderligere bevillinger på de årlige finanslove til formål, som er knyttet til folkekirken.