Folkekirken råder over ca. 2.350 kirker. Langt de fleste er selvejende kirker, som bestyres af menighedsrådene. Visse herregårds- og slotskirker bestyres dog af andre. 

Menighedsrådet og den lokale præst kan frit bruge kirken som sognekirke. Kirken kan også udlånes til andre præster i folkekirken og til evangelisk-lutherske frikirker uden for folkekirken. Med biskoppens tilladelse kan kirken desuden udlånes til ikke-kirkelige formål, der ikke strider mod kirkerummets karakter.

Menighedsrådet sørger for vedligeholdelse af kirken, dens inventar og udsmykning. Udgifterne finansieres af kirkeskatten.

Folkekirkens kirker er undtaget fra bygningsfredningsloven. Det gælder også de ca. 1.700 middelalderkirker, der er opført før reformationen i 1536, og som ellers ville være totalfredede. Kirkerne og deres inventar er til gengæld omfattet af en række andre beskyttelsesregler i den kirkelige lovgivning. 

Det kræver blandt andet stiftsøvrighedens godkendelse at istandsætte kirkebygninger, der er over 100 år gamle. Stiftsøvrigheden skal også godkende udvidelse, ombygning og ændring af kirkebygninger. 

Kirkeinventar, der er over 100 år gammelt, må kun ændres og istandsættes i henhold til forslag, der er tilvejebragt gennem Nationalmuseet og godkendt af stiftsøvrigheden.

De kgl. bygningsinspektører, Nationalmuseet og Det Kongelige Akademi for de Skønne Kunster yder desuden sagkyndig bistand vedrørende folkekirkens kirker og kirkegårde.